R的plot 既可以绘制点，也可以绘制直方图，还可以绘制箱线图，感觉的确很智能。

> b <- c("P", "P", "P" ,"Q", "Q", "Q")> c <- c("TQ","AQ","CQ","BQ","XQ", "XQ")> a <- c("A","B","C","D","E","F")> ct <- c(6,7,3,6,1,9)> ca <- data.frame(a,b,c, ct)> plot(ca$a, ca$b, yaxt="n", axes=F)> plot(ca$b, ca$c, yaxt="n", axes=F)> plot(ca$b, ca$ct, yaxt="n")> plot(ca$a, ca$ct, yaxt="n")## 第二个例子> r    a    b1 1.0 1.002 1.5 1.253 2.0 1.504 2.5 1.755 3.0 2.006 3.5 2.257 4.0 2.50> barplot(as.matrix(r), col=rainbow(9))> barplot(as.matrix(cumsum(prop.table(r))))> barplot(as.matrix(prop.table(r)))> mr <- as.matrix(r)> prop.table( mr, margin =2)              a          b[1,] 0.05714286 0.08163265[2,] 0.08571429 0.10204082[3,] 0.11428571 0.12244898[4,] 0.14285714 0.14285714[5,] 0.17142857 0.16326531[6,] 0.20000000 0.18367347[7,] 0.22857143 0.20408163> barplot(prop.table( mr, margin =2)) ## 第三个例子> data <- read.table("output.txt", header=T, row.names = 1)                                                                     > mt <- t(as.matrix(data))                                                                                                         > head(mt)      0-0.025 0.025-0.05 0.05-0.075 0.075-0.12 0.12-0.2 0.2-0.5 0.5-1.5 1.5-3A0.6   357616        597         77         18        0       0       0     0A0.4   189028       1089        101         38        2       0       0     0A0.25  255902       2422        269         50        5       4       0     0A0.1   130322       1554        192         34       10       0       0     0A0          0          0          0          0        0       0       0     0      3-5 5-10A0.6    0    0A0.4    0    0A0.25   0    0A0.1    0    0A0      0    0              > pdf("TT1.pdf")> barplot(prop.table( mt, margin = 2), col=heat.colors(5))                                                                         > dev.off()                                                                                                                   null device           1

另外发现一个绘制热图的 function

# ----- Define a function for plotting a matrix ----- #myImagePlot <- function(x, ...){     min <- min(x)     max <- max(x)     yLabels <- rownames(x)     xLabels <- colnames(x)     title <-c()  # check for additional function arguments  if( length(list(...)) ){    Lst <- list(...)    if( !is.null(Lst$zlim) ){       min <- Lst$zlim[1]       max <- Lst$zlim[2]    }    if( !is.null(Lst$yLabels) ){       yLabels <- c(Lst$yLabels)    }    if( !is.null(Lst$xLabels) ){       xLabels <- c(Lst$xLabels)    }    if( !is.null(Lst$title) ){       title <- Lst$title    }  }# check for null valuesif( is.null(xLabels) ){   xLabels <- c(1:ncol(x))}if( is.null(yLabels) ){   yLabels <- c(1:nrow(x))}layout(matrix(data=c(1,2), nrow=1, ncol=2), widths=c(4,1), heights=c(1,1)) # Red and green range from 0 to 1 while Blue ranges from 1 to 0 ColorRamp <- rgb( seq(0,1,length=256),  # Red                   seq(0,1,length=256),  # Green                   seq(1,0,length=256))  # Blue ColorLevels <- seq(min, max, length=length(ColorRamp)) # Reverse Y axis reverse <- nrow(x) : 1 yLabels <- yLabels[reverse] x <- x[reverse,] # Data Map par(mar = c(3,5,2.5,2)) p_w_picpath(1:length(xLabels), 1:length(yLabels), t(x), col=ColorRamp, xlab="", ylab="", axes=FALSE, zlim=c(min,max)) if( !is.null(title) ){    title(main=title) }axis(BELOW<-1, at=1:length(xLabels), labels=xLabels, cex.axis=0.7) axis(LEFT <-2, at=1:length(yLabels), labels=yLabels, las= HORIZONTAL<-1, cex.axis=0.7) # Color Scale par(mar = c(3,2.5,2.5,2)) p_w_picpath(1, ColorLevels,      matrix(data=ColorLevels, ncol=length(ColorLevels),nrow=1),      col=ColorRamp,      xlab="",ylab="",      xaxt="n") layout(1)}# ----- END plot function ----- #

ref：http://www.phaget4.org/R/p_w_picpath_matrix.html